Po otrzymaniu notyfikacji (czyli powiadomienia) o zamiarze wprowadzenia bądź wprowadzeniu suplementy diety, Główny Inspektor Sanitarny, jeżeli nabierze wątpliwości co do notyfikowanego produktu może wszcząć tzw. postępowanie wyjaśniające. Uprawnienie to zostało przyznane GIS w art. 31 ustawy z dnia 25 sierpnia 2006 r. o bezpieczeństwie żywności i żywienia (Dz. U. 2006 nr 171, poz. 12250).
Można wyróżnić dwa podtypy postępowania wyjaśniającego. Pierwsze będzie dotyczyło wszelkich kwestii innych niż badanie czy produkt spełnia kwalifikację: leku, kosmetyku, wyrobu medycznego. Drugie natomiast będzie zmierzało ku wyjaśnieniu czy produkt nie jest produktem innego rodzaju, zwłaszcza lekiem. W pierwszym przypadku GIS może dokonać kontroli właściwie wszelkich kwestii dotyczących suplementu np. nazwy, składu, znakowania. W drugim przypadku jak tylko GIS nabierze wątpliwości co do potencjalnego leczniczego charakteru produktu to jest zobowiązany żądać dostarczenia opinii Urzędu Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Produktów Biobójczych.